Trešais liktenīgais vēstures posms ir pavisam nesenie notikumi visā bijušās Dienvidslāvijas teritorijā. Tas ir Dienvidslavijas sabrukums, kura rezultātā reģionu plosīja vairākkārtēji lokālie kari. Te gan jāpiebilst, ka Maķedonija ir viena no bijušajām Dienvidslāvijas republikām, kura faktiski izvairījās no nopietniem konfliktiem un tās atdalīšanās process notika ļoti mierīgā ceļā. Toties problēmas radās nedaudz vēlāk 2000-2001. gadā. Laika posmā no 1991. līdz 2000 gadam, kad bijušajā Dienvidslāvijā turpinajās kari Maķedonija piedzīvo milzīgu bēgļu pieplūdumu. Jo īpaši masveidīga bēgļu ierašanās Maķedonijā notiek pēc 1996. gada, kad notiek asiņainas sadursmes Kosovā starp serbu armiju un albāņu separātistiem. Šajā laikā Kosovu pamet gandrīz puse tās iedzīvotāju no kuriem gandrīz 300 tūkstoši dodas bēgļu gaitās uz Maķedoniju. Gala rezultatā pēc NATO militāras iejaukšanās serbu militārie formejumi bija spiesti pamest Kosovu un Kosova nokļūst pilnīgā albāņu separātistu kontrolē. Lielākajai daļai bēgļu rodas iespēja atgriezties savos dzimtajos novados un pilsetās, bet ne visi to dara. Liela daļa tomēr nepamet Maķedoniju un paliek tajā dzīvot. Protams, ka absolūtais vairakums no bēgļiem ir albāņi un paliekot tiem Maķedonijā notiek būtiskas iedzīvotāju etniskā sastāva izmaiņas. Rezultatā albāņu iedzīvotāju skaits Maķedonijā būtiski palielinās, par ko maķedonieši ne pa visam nav sajūsmināti.
Ar to viss tā arī nebeidzās! Atradās albāņu vidū karstās galvas, kuras eiforijā no veiksmīgā iznākuma Kosovā vēlējās, ko līdzīgu atkārtot arī Maķedonijas teritorijā. Faktiski šādam pasākumam bija visai labvēlīga situācija! Tāpat, kā Kosovā arī Maķedonijas teritorijā bija rajoni, kuros albāņi sastāda lielāko iedzīvotāju daļu, jo īpaši šeit Tetovo un Pologā. To arī centās izmantot savu mērķu realizēšanai albāņu separātisi no UČK (Albāņu nacionālā atbrīvošanas armija), kuru lielākā daļa nemaz nebija Maķedonijā dzimuši, bet bija ieradušies šeit no Kosovas, kā bēgļi. 2000. gadā izcēlās pirmie konflikti un etniskas sadursmes starp albāņiem un maķedoniešiem. 2001. gadā šī konfrontācija jau sasniedza draudošus apmērus un notika pirmās nopietnās militarās sadursmes starp albāņu separātistu kaujinieku grupejumiem un policiju. Situācijā bija spiesta iejaukties Maķedonijas armija, kuras vienības ieradās Tetovo un dažos rajonos valsts ziemeļos, un savā kontrolē pārņēma visus stratēģiski svarīgākos objektus. Albāņu separātisti attiecīgi atbildeja ar artilērijas apšaudēm, kuras tika veiktas tieši šeit no Šar Plaņinas kalniem uz Tetovo pilsētu. Tam seko Maķedonijas militarās aviācijas uzlidojumi. Šo sadursmju rezultata iet bojā: 63 Maķedonijas karavīri un policisti, 64 albāņu kaujinieki, 70 civil iedzīvotaji no kuriem 60 bija albāņi, bet 10 maķedonieši.