Pirmie mēģinājumi Mošeju pārbūvēt par kristiešu baznīcu notika jau 1236. gadā tūlīt pēc Kastīlijas karaļa Ferdinanda III karaspēka ierašanās Kordovā. Šāda rīcība izraisīja iespaidīgus Kordovas iedzīvotāju (arī kristiešu), protestus un nemierus. Gala rezultātā mošeja netika izpostīta, bet tajā tika veikti nelieli pārbūves darbi. Tika aizmūrēti 19 ieejas vārti, starp kolonādēm tika izveidotas kapellas, bet virs mihraba tika izveidots zvanu tornis.
Vēlāk, kad no Spanijas tika padzīti visi musulmaņu iedzīvotāji, 1523. gadā pēc arhitekta Alonso Mauricio iniciatīvas tika uzsakta katedrāles celtniecība uz mošejas bāzes. Arī šo reiz Kordovas pilsētas valde pretojās šādai rīcībai un izraisīja konfliktu, kurā nācās iesaistīties pašam Spānijas karalim Karlam V. Karalim tika pasviests paviršs dokuments ar lūgumu atļaut katedrāles celtniecību mošejas vietā. Karalis pavirši pārlasot un neiedziļinoties lietas būtībā parakstīja šo dokumentu. Toties jau 1526. gadā, karalim Karlam V ieradoties vizītē Kordovā un apmeklējot katedrāles būvlaukumu, nacās nožēlot to, ka parakstījis šādu rīkojumu! Karalis esot iesaucies: „Ja es būtu toreiz redzējis, ko jūs gribat pārbūvēt, es nekad nebūtu devis atļauju”! un „Jūs esat uzbūvējuši to, ko var uzbūvēt jeb kur, bet esat izpostījuši to, kas bija vienīgais pasaulē un nekad nebūs atkārtojams”!