Pakāpeniski Ēģiptes impērijas zemes sāka mazināties, jo tās iekaroja Azirs, tagadējās Lībijas valnieks, atņemot Ēģiptei Āzijas daļu. Daudz ko no tā izraisīja iekšējie nemieri, un Ehnatonam nebija pietiekami karaspēka, lai to nosūtītu uz Āzijas provincēm. Ēģipte zaudēja ne tikai savu starptautisko politisko prestižu, kuru bija panākuši XVII dinastijas faraoni, bet arī ekonomisko varenību, par cik tas viss stipri samazināja materiālo vērtību ieplūšanu no provincēm.
Tagad jau ne tikai priesteri un galms, bet arī vidējie sabiedrības slāņi vairs neatbalstīja faraonu. Tiekot ar viņu palīdzību galā ar saviem pretiniekiem, Ehnatons viņiem nedeva par to neko pretī. Nevar arī nenovērtēt šeit ideoloģisko faktoru. Tauta, kura daudzas simtgades bija pieradusi pie saviem dieviem, ticēja tiem, un protams, nekādi dekrēti un administratīvās metodes nespēja to piespiest atteikties no savu senču reliģijas. Faraons pat ieguva iesauku “ienaidnieks no Ahet - Atonas”, ar kuru vēsturnieki apzīmēja viņu savos darbos pēc tā nāves, nevēloties pieminēt tā vārdu. Ehnatons nonāca izolācijā. Pirmo reizi Ēģiptes vēsturē viņš, lai noturētos tronī, bija spiests izmantot algotņus, visdrīzākais Egejas salu iedzīvotājus.