1969. gada novembrī ASV varas iestādes ģenerāļa Viljama Pīrsa vadībā uzsāka pamatīgu Milajas slaktiņa izmeklēšanu. Nākamajos četros mēnešos nopratināja vairāk nekā 400 liecinieku. Apkopojot visus savāktos materiālus, tapa tā sauktais Pīrsa ziņojums. Vairāk nekā 2000 lappusēs aprakstīts pats slaktiņš un armijas mēģinājums šo notikumu slēpt. Pratināšanā viens no galvenajiem dalībniekiem, leitnats Viljams Kollijs, paziņoja: "Man komunisti ir tas pats, kas Dienvidu štatu iedzīvotājiem nēģeri. Mani nemaz neuztrauc, ka nogalināju tos cilvēkus Milajā. Es nekad nenogalinu prieka pēc. Milajā mēs nebijām, lai nogalinātu cilvēkus, mēs bijām tur, lai iznīcinātu ideoloģiju, kas iemiesojās šajās, nezinu, kā lai tās nosauc, šaha figūrās, šajās vietās, šajos ķermenos. Milajā ierados, nevis lai nogalinātu saprātīgus cilvēkus, bet lai iznīdētu abstraktu ideju. Tajā dienā es nenogalināju nevienu vjetnamieti, es tikai rīkojos savas zemes, Amerikas Savienoto Valstu vārdā."
Pīrsa ziņojums bija gatavs 1970. gada martā. Tajā secināts, ka rotas "Charlie" 1. vada kareivji nogalinājuši "vismaz 175-200 vjetnamiešu vīriešus, sievietes un bērnus, no kuriem Vjetkonga partizāni, visticamāk, bijuši trīs vai četri". Vēl Pīrss ziņojumā konstatēja, ka līdz ar slepkavībām Milajā pret civiliedzīvotājiem veiktas arī citas noziedzīgas darbības: izvarošana, sakropļošana, dedzināšana utt. Sekoja tiesa, kurā uz apsūdzēto sola nosēdināja 14 armijniekus. 1971. gada 16. martā, tieši trīs gadus pēc šausmīgajiem Milajas notikumiem, zvērinātie devās apspriesties par apsūdzēto vainu. Pēc divām nedēļām zvērinātie bija gatavi paziņot lēmumu. Lielāko daļu apsūdzību noraidīja, leitnants Kollijs bija vienīgais, kuru par šo slaktiņu notiesāja. Zvērinātie atzina Kollija vainu vismaz 22 civiliedzīvotāju slepkavībā, un viņam par to piesprieda mūža ieslodzījumu. Rotas "Charlie" komandieriem Ernestam Medinam (attēlā) apsūdzību par slepkavību vainu pastiprinošos apstākļos un par pavēli "nelikumīgi nogalināt" pārkvalificēja par apsūdzību slepkavībā ar vainu mīkstinošiem apstākļiem, jo zvērinātie uzskatīja, ka Medinam nav bijusi pietiekama iespēja kontrolēt rotas karavīrus. Tā kā Medina, pēc zvērināto domām, nevarēja droši zināt, ko īsti viņa kareivji dara Milajā, viņu attaisnoja. Par vainīgiem neatzina arī slaktiņa pēdu slēpšanas mēģinājumā apsūdzētos virsniekus. Kollijam piespriestais mūža ieslodzījums izraisīja sašutumu Amerikā. Sabiedriskās domas pētījums liecināja - astoņi no desmit amerikāņiem uzskata, ka viņu vispār nevajadzēja tiesāt. Gan kara pretinieki, gan piekritēja apgalvoja, ka spriedums nav taisnīgs. Vieni uzskatīja, ka Kollijs tikai izpildījis savu pienākumu, bet otri - ka Kollijs padarīts par grēkāzi. Beigu beigās Viljams Kollijs tika cauri pavisam viegli: jau trīs dienas pēc sprieduma pasludināšanas prezidents Niksons pavēlēja viņu ievietot mājas arestā Fortbeningā (Džordžijas štatā), bet vēlāk spriedumu mīkstināja līdz 20 gadiem un tad līdz 10 gadiem cietumā. Tacu 1974. gadā pēc trīsarpus gadu ilga mājas aresta Kollijs tika atbrīvots.
