Zirnekļiem, tāpat kā kukaiņiem, daudzkājiem un vēžveidīgajiem, ir nevis iekšējais skelets, kas būtu veidots no kauliem, bet gan ārējais skelets - kutikula (apvalks). Tā pārklāj visu zirnekļa ķermeni, līdzīgi kā bruņas klāj bruņinieku, tikai zirnekļa bruņas sastāv no celulozei līdzīgas vielas, ko sauc par hitīnu. Zirnekļi kustina apvalku ar muskuļa palīdzību, kā arī izmantojot šķidrumu hemolimfu (asinis, kur sajaukts ar šūnstarpes šķidrumu). Galvkrūtis ir viena vesela, nedalāma ķermeņa daļa, kuru no augšpuses klāj cieta kutikula, bet apakšpusē ir mīkstāka un spēj pastiepties.
Uz galvkrūšu priekšējās daļas atrodas astoņas acis. pie galvkrūtīm atrodas pirmais locekļu pāris. Tās ir heliceras, mutes locekļi, kas raksturīgas visiem zirnekļveidīgajiem. Zirnekļu heliceras sastāv no spēcīga galvenā posma un kustīga indes naga, kas miera stāvoklī ir ielocīts gluži kā salokāmais kabatas nazis. Brīdī, kad zirneklis iekož, indes nags izlec no savas rievas un iešļāc upurī indi. Otrais locekļu pāris ir pedipalpas. Tas ir zinātniskais nosaukums zirnekļu taustekļiem, kuri izskatās kā kājas, taču zirnekļi tos izmanto nevis iešanai, bet gan lai noķertu saturētu savu laupījumu.
Piauguši zirnekļu tēviņi pirms pārošanās uzkrāj sēklu pūslītī, kas atrodas pie pedipalpām.
papildus helicerām un pedipalpām zirnekļiem vēl ir četri pāri ejkāju. Kāju taisnos posmus savieno locītavas, kas kustas tikai vienā virzienā - kā mūsu celis. Lai kājas būtu kustīgas, tās sastāv no vairākām daļām.
katrai zirnekļa ejkājai ir sešas locītavu vietas. Augšējā locītava kustas kā cilvēka gūžas locītava. Zirnekļi bieži izmanto kā taustekļus, lai iztaustītu apkārtni.
Galvkrūtīs atrodas galvas ganglijs, divi indes dziedzeri un daļa no gremošanas orgānu sistēmas. Spēcīgi muskuļi kustina barības vadu un dziedzerkuņģi, heliceras, pedipalpas un ejkājas. Vēderā atrodas sirds, zarna, tīmekļa dziedzeri un orgāni, ar kuru palīdzību zirneklis elpo, izvada atkritumvielas un vairojas. Cauri iežmaugai, kas atdala galvkrūtis no vēdera, iet asinsvadi, zarna, nervi un muskuļi.
