It kā ar vulkāna izvirdumu vēl būtu par maz, postījumus palielināja 3.kategorijas taifūns Junija (Yunya). Lietusgāzēs pelni izmirka un kļuva smagāki, vulkāniskie ieži pārvērtās dubļu lavīnās, kas ieplūda ielejās. Vulkāna izvirdumā un taifūnā kopumā bojā gāja 875 cilvēki. Samērā mazo upuru skaitu var izskaidrot ar plašo informāciju un savlaicīgi veikto cilvēku evakuāciju.
Trīs nedēļas pēc izvirduma Pinatubo aktivitāte mazinājās. Šajā laikā pēc dažādām aplēsēm no vulkāna tika tika izsviesti 15 kubikkilometri izvirduma vielu. Pinatubo izvirduma laikā atmosfērā nonāca sērskābes tvaiki un milzīgs daudzums vieglu pelnu, kas ar vēju tika iznēsāti pa visu zemeslodi un atstāja jūtamu iespaidu uz klimatu visā pasaulē.
