Jau uzreiz pēc Vācijas uzbrukuma sākuma Padomju Savienībai 1941. gada vasarā Igaunijas teritorijā aktivizējās nacionālo partizānu darbība. Igauņu nacionālie partizāni bija tik aktīvi un spēcīgi savā niknumā pret padomju okupācijas varu, ka, piemēram, 10. jūlijā atbrīvoja no sarkanajiem okupantiem Tartu pilsētas dienviddaļu un veselas divas nedēļas aizstāvēja to pret Sarkanās armijas uzbrukumiem līdz pat vācu armijas ienākšanai.
Arī igauņu tauta ļoti smagi cieta no pirmā padomju okupācijas gada. Šajā laikā Igaunijā tika arestēti gandrīz 8000 cilvēku, no kuriem 1950 tika nogalināti. Savukārt 1941. gada 14. jūnija deportācijās uz Sibīriju tika izsūtīti ap 10 000 cilvēku, vairums no viņiem bija sievietes un bērni. Tādēļ arī nav jābrīnās, ka Vācijas uzbrukumu Padomju Savienībai ļoti daudzi igauņi uzņēma ar lielu prieku un sagaidīja vāciešus kā atbrīvotājus.
Līdzīgi, kā Latvijā, igauņu pirmskara politiķi nemeklēja sadarbības atļauju ar vāciešiem, bet mēģināja atjaunot Igaunijas neatkarību. Pēdējais pirmskara valdības vadītājs Jiri Uluotss 1941. gada 29. jūlijā iesniedza memorandu vācu 18. armijas pavēlniekam ģenerālpulkvedim Georgam fon Kihleram, kurā tika prasīta Igaunijas neatkarības atzīšana un igauņu armijas organizēšana. Vācieši šo memorandu noraidīja un pēc tam, kad vācu armija bija ieņēmusi visu Igauniju, tad Igaunijai tāpat kā Latvijai bija pieļaujamas vienīgi skaita ziņā ierobežotas bruņotas formācijas un pašpārvalde, kura atradās stingrā vācu kontrolē.
Arī tālākais militārais scenārijs Igaunijā veidojās tāds pats kā Latvijā. Tūkstošiem 1941. gada vasaras kara dalībnieku brīvprātīgi stājās vācu bruņotajos spēkos, lai cīnītos pret ienīsto padomju režīmu. 1942. gada februārī vācu armijas sastāvā Austrumu frontē cīnījās 20 867 igauņu karavīru.
Igauņu leģiona izveidošana.
1942. gadā, kad vācu armijas zaudējumi Austrumu frontē pieauga, nacistu okupācijas režīms daudz pozitīvāk sāka vērtēt igauņu piemērotību militārajam dienestam. Līdz ar to jau 1942. gada pavasarī tika apspriesta ideja par Igauņu SS leģiona izveidošanu.
1942. gada augusta sākumā uz to tika saņemts arī Hitlera apstiprinājums un 28. augustā Igaunijas ģenerālkomisārs Karls Zīgmunds Licmans paziņoja par Hitlera atļauju dibināt Igauņu leģionu. Par leģiona komandieri tika iecelts SS oberšturmbanfīrers (apakšpulkvedis) Francis Ausbergers. Ar SS galvenās operatīvās vadības pavēli, kura tika izdota 1942. gada 29. septembrī, Igauņu leģionu tika paredzēts sākt formēt no 1942. gada 1. oktobra treniņu nometnē Debicā, kura atradās Polijā, netālu no Krakovas.
1942. gada beigās leģiona sastāvā tika izveidots – štābs un štāba rota, 3 bataljoni, kā arī mīnmetēju un prettanku rotas. Drīz vien leģions tika nozīmēts kā 1. igauņu brīvprātīgais SS grenadieru pulks. 1943. gada sākumā leģiona sastāvā bija 1280 cilvēku.