1160. gadā Kijomori (1118.-1181.) no Taira klana iecēla par sangi - "imperatora padomnieku" Lielajā Valsts Padomē - pirmo reizi Japānas vēsturē samurajs izpelnījās tik augstu rangu valsts pārvaldē. 1167. gadā viņš kļuva par premjerministru, koncentrējot savās rokās visu reālo varu valstī.
Nākošās izmaiņas, kas ietekmēja samuraju statusu, bija pēc asiņaina kara starp Taira un Minamoto klaniem, kurā uzvarēja Minamoto. Klana vadonis Joritomo (1147.-1199.) ieradās 1190. gadā Kamakurā uz audienci pie imperatora Gotobas (1180.-1239.) un eksimperatora Gosirakavas (1127.-1192.), un tika iecelts par gondainagonu, t.i. galveno padomnieku un taisjo - Iekšējās pils Kreisā spārna pavēlnieku. Atšķirībā no Kijomori, viņš pilnībā atteicās no iejaukšanās imperatora galma lietās, tā nodrošinoties ar galma aristokrātijas atbalstu. 1192. gadā Joritomo tika iecelts par sei-i tai-sjogun - "armijas virspavēlnieku, barbaru pakļāvēju" (jeb vienkārši par sjogunu). Tika izveidots virspavēlnieka "ģenerālštābs", jeb reālā valdība valdībā - Kamakura Bakufu ("bakufu" - karavadoņa štābs). Šādu sistēmu vēstures literatūrā dēvē par sjogunātu, un tas saglabājās Japānā līdz pat 1868. gadam (mainoties gan sjogunu dinastijām), kad to pēc Bosin kara likvidēja imperators Meidzi. Pēc Meidzi reformas samuraju kārta tika likvidēta, tiem aizliegts nēsāt kārtu apliecinošus atribūtus (divus zobenus).