Infekciju novēršanas un ūdens attīrīšanas nodaļas sastāvā ietilpa vairākas apakšnodaļas. Katrā vietā, kur atradās šī organizācija, tā tika aprīkota ar ūdens attīrīšanas iekārtām un automašīnām, kas vajadzības gadījumā varēja piegādāt ūdeni.
Nodaļa tika organizēta pēc šīs sistēmas:
Vienība 691, ko pārvaldīja Kwantung armija
Vienība 731 (Pingfang) bija vienības 691 centrālais birojs, vienība 731 kļuva slavena ar ķīmisko un bioloģisko ieroču izpēti un izstrādi. Vadītājs Shirō Ishii.
Apakšvienība 516 (Qiqihar) un specializējās ar ķīmiskajiem ieročiem saistītos jautājumos. Pārējās apakšvienības 643, 162, 673, 543, un 319 nodarbojās ar ūdens attīrīšanu.
Vienība 1855 (Pekina) tika pakļauta Ziemeļķīnas reģiona Japānas armijai.
Vienība Ei 1644 jeb Tama (Nanking) tika pakļauta Ķīnas centrālās daļas Japānas armijai.
Vienība 8604 jeb Nami (Guandžou) Dienvidķīnas reģiona Japānas armijai.
Vienība 9420 jeb Oka (Singapūra) Dienvidu Ekspeditoru armijas grupai.